TCGA数据下载教程:使用官方gdc-client软件下载

前言

本教程涉及内容:

  1. TCGA 页数据下载,检索方式
  2. gdc-client软件安装和配置
  3. 使用gdc-client下载TCGA数据

[补充]

  1. 怎么根据TCGA官方的API下载数据单几句命令轻轻松松下载想要的TCGA大数据
  2. Python脚本下载TCGA大数据,非常简单,开放源代码
  3. 图形界面下载TCGA大数据,GitHub项目
  4. 安装配置 Data Transfer Tool

    如何安装Data Transfer Tool,也就是gdc-client这个接口软件呢br> 要安装Data Transfer Tool,需要到下载页面下载该工具。
    Data Transfer Tool 址:https://gdc.cancer.gov/access-data/gdc-data-transfer-tool
    进去界面后,找到下图的地方,并选择windows环境下的工具,也就是打钩的那个。下载后解压缩即可使用。至于怎么用,我刚开始看到是.exe文件,但是这个软件是需要用命令行来使用的。

    使用gdc-client下载TCGA数据

    下载方式很简单,还记得上文中下载的Manifest文件吧,然后在windows下打开cmd,并在其中输入下载命令:

    然后就是慢慢下载了,如果中间有 错断了,一般就是 络不好的原因,重新下载或者换个时间段就行了。
    最后就下载完了,一共301个文件,命令行界面和文件夹界面如下所示:

    此教程结束。

    其他使用python自定义脚本下载,以及将多个文件合并到一起的教程,请参考我的其他博文。

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