前言
本教程涉及内容:
- TCGA 页数据下载,检索方式
- gdc-client软件安装和配置
- 使用gdc-client下载TCGA数据
[补充]
- 怎么根据TCGA官方的API下载数据单几句命令轻轻松松下载想要的TCGA大数据
- Python脚本下载TCGA大数据,非常简单,开放源代码
- 图形界面下载TCGA大数据,GitHub项目
安装配置 Data Transfer Tool
如何安装Data Transfer Tool,也就是gdc-client这个接口软件呢br> 要安装Data Transfer Tool,需要到下载页面下载该工具。
Data Transfer Tool 址:https://gdc.cancer.gov/access-data/gdc-data-transfer-tool
进去界面后,找到下图的地方,并选择windows环境下的工具,也就是打钩的那个。下载后解压缩即可使用。至于怎么用,我刚开始看到是.exe文件,但是这个软件是需要用命令行来使用的。
使用gdc-client下载TCGA数据
下载方式很简单,还记得上文中下载的Manifest文件吧,然后在windows下打开cmd,并在其中输入下载命令:
然后就是慢慢下载了,如果中间有 错断了,一般就是 络不好的原因,重新下载或者换个时间段就行了。
最后就下载完了,一共301个文件,命令行界面和文件夹界面如下所示:
此教程结束。
其他使用python自定义脚本下载,以及将多个文件合并到一起的教程,请参考我的其他博文。
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