MITOS|线粒体在线注释 站

今天给大家介绍MITOS这个线粒体在线注释 站，该 站主要用来注释动物线粒体和部分真菌，但是不推荐用来注释植物的线粒体。
小编主要从版本、使用说明、注释结果说明、注意事项、注释文件这五个方面来进行介绍。

一、版本
MITOS 站有新版（http://mitos2.bioinf.uni-leipzig.de/index.py）和旧版（http://mitos.bioinf.uni-leipzig.de/index.py）两种版本。小编推荐大家使用新版界面，相对与旧版，新版界面操作更方便，数据库较新，注释信息更全，并且可以预测线粒体OH（repeat origin、control region）区，这是旧版所不具备的。

二、使用说明
今天小编用某一昆虫的线粒体序列（环状序列，完整的线粒体序列）来说明MITOS 站的使用步骤。
1.NCBI下载线粒体序列
该昆虫线粒体序列下载 址是https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/EU725832.1/，文件以fasta文件存储。

Genetic Code：
2 Vertebrate ：脊椎动物
3 Yeast ：酵母
4 Mold：霉菌
5 Invertebrate：无脊椎动物
9 Echinoderm：棘皮动物
13 Ascidian：海鞘类
14 Alternative Flatworm：扁虫
16 Chorophycean：绿藻

三、注释结果说明
注释结果（以下主要以新版为例进行说明）。大家可能会疑惑，新旧版区别到底是啥实区别也不是特别大，新版注释结果会在每个tRNA后面注明其反密码子，而旧版注释结果中注明的不是反密码子，而是与其互补的密码子，并且旧版注释缺少OH结构区（上面也提到过），也未给出基因cds区的起始/终止密码子，所以旧版对于新版注释结果效果而言差了一点。
如下图，第一列（Name），线粒体主要结构区名称；第二、三列（Start、Stop），该结构区在该线粒体序列（输入文件fasta序列）中的起始、终止位置；第四列（Strand），该结构区位于正链（+）/负链（-）；第五列（Length），该结构区长度（bp）；第六列（ovl/nc），该结构区和上一个结构区的间隔，若为负数，则表明二者区域有所重叠（正常现象，只要不很大就没什么问题）；第七列（Codons），若为蛋白编码基因（CDS区），则标明起始/终止密码子；第八列（Infos），若为非编码RNA（rRNA、tRNA），则同时给出其二级结构图。

5.线粒体序列起点位置调整（起点调整仅限环状序列）
最后确认无误，或者说你通过了一系列的方法获得了可靠的注释结果后，先不着急导出结果。尽管动物线粒体结构单元在种类上通常来讲比较保守，但是不同的物种之间，这些结构单元在基因组中的排列顺序可能相差较大。最好对它们确定个前后顺序。
此外，如果你的线粒体序列是环状的，注释结果中还可能会出现某段结构区在末尾处仍未到终点，然后延伸至起点位置继续（如下所示）。这时候肯定也需要调整下起点位置，不要在注释结果中出现这类的状况。