Jalview 内置了 DNA、RNA 、蛋白质序列的结构可视化和分析功能，它使用 Jmol 查看 3D 结构，使用 VARNA 显示 RNA 二级结构，Jalview 还可以连接数据库进行分析服务。

软件下载

Jalview为免费软件，可根据电脑系统选择下载，可支持Win、Mac和Linux系统。下载链接如下：

http://www.jalview.org/getdown/release/

通过如下操作，导入文件，可支持多种文件格式（.fasta、.aln等），也可直接导入clustalx的比对结果。

使用Jalview进行多序列比较，它可以使用的比对方法较多。

各软件的比对速度（Muscle>MAFFT>ClustalW>T-Coffee），比对准确性（MAFFT>Muscle>T-Coffee>ClustalW）。（参考：https://www.jianshu.com/p/19ce91d3dfe8）

这里我们使用的是Muscle

将多序列比较结果分行显示

更改配色方案

更改序列的排列顺序

隐藏保守区间、比对质量和共有序列注释结果，将“Show annotations”取消勾选。

输出图片，可保存为HTML、PNG、SVG等格式

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