【如何拆分多倍体亚基因组？】SubPhaser软件

SubPhaser原文链接：https://nph.onlinelibrary.wiley.com/doi/10.1111/nph.18173

（2）测试

上述运行的脚本， 内容如下：

（3）测试数据结果解读

SubPhaser的结果，主要就是如下6个图

• A：不同类型Kmer的频数统计图
• B：不同类型Kmer的聚类结果（用heatmap & 聚类树来显示）
• C：PCA
• D：染色体圈图
• E：亚基因组LTR-RTs的插入时间估计
• F：对LTR/Gypsy成分进行1000次后验检验的系统发育树构建结果

其中，D图给出的信息很多，从外圈到内圈，分别代表：

1.使用k-means方法，得到的染色体分组信息
2.对应区段内，亚基因组特异性kmer的富集结果
3.对应区段内，经过标准化的亚基因组kmer组分估计
4-6.对应区段内，对应亚基因组特异性的kmer频数概率密度（划分为几个亚基因组，这边就对应有几圈）
7.亚基因组特异性LTR-RTs & 非特异性LTR-RTs的概率密度
8.不同区段之间的同源关系分析

D图解读

• 1.基于k-means聚类算法，将输入基因组，分成了2个亚基因组（黄色 & 蓝色部分）
• 2.对应区段的特异性kmer富集结果（我这边猜测的话，哪一种kmer显著富集就显示哪一种结果）
• 3.经过标准化的kmer占比
• 4-5.对应特异性kmer的概率密度结果
• 6.对应LTR-RTs的概率密度结果
• 7.同源关系

2.HiC热图

根据HiC热图的结果，可以得到如下的config设置：

参考资料

[1] https://github.com/zhangrengang/SubPhaser
[2] https://github.com/zhangrengang/SubPhaser/issues/4