anaconda使用教程
刚开始接触生信的小伙伴们，一定都有安装和使用anaconda的各种迷惑。他的功能，正如anaconda的中文释义——蟒蛇，强大到“可怕”。今天，让我们一起来简易入门conda使用吧！
一、什么是Anaconda？
1. 简介
Anaconda（官方 站）是可以便捷获取并管理包，同时对环境可以统一管理的发行版本。包含conda、Python在内的超过180个科学包及其依赖项。
2. Anaconda、conda、pip的区别
Anaconda
Anaconda是一个包含180+的科学包及其依赖项的发行版本。其包含的科学包有：conda, numpy, scipy, ipython notebook等。
conda
conda是包及其依赖项和环境的管理工具。
?适用语言：Python, R, Ruby, Lua, Scala, Java, JavaScript, C/C++, FORTRAN。
?适用平台：Windows, macOS, Linux
? conda包和环境管理器包含于Anaconda的所有版本当中。
pip
pip是用于安装和管理软件包的包管理器。编写的语言为python
? Python中默认安装的版本：
Python 2.7.9及后续版本：默认安装，命令为pip
Python 3.4及后续版本：默认安装，命令为pip3
二、Anaconda的适用平台、安装和使用
1. 适用平台
? Windows
? macOS
? Linux（x86 / Power8）
2. 安装条件
?系统要求：32位或64位系统均可
?下载文件大小：约500MB
?所需空间大小：3GB空间大小（Miniconda仅需400MB空间）
3. 安装步骤（以linux系统为例）
1. 前往官方下载页面（https://www.anaconda.com/products/individual#linux）下载
$ wget https://repo.anaconda.com/archive/Anaconda3-2020.07-Linux-x86_64.sh
2. 安装命令
$ chmod 777 Anaconda3-2020.07-Linux-x86_64.sh #赋予执行权$ bash Anaconda3-2020.07-Linux-x86_64.sh #运行
一般一路yes就好，安装器若提示“Do you wish the installer to prepend the Anaconda install location to PATH in your /home//.bashrc ?”，建议输入“yes”。
注意：
路径 /home//.bashrc 中 “” 即进入到家目录后你的目录名。
如果输入“no”，则需要手动添加路径，否则conda将无法正常运行。
当看到“Thank you for installing Anaconda!”则说明已经成功完成安装。
在终端中输入 source ~/.bashrc 可完成启动，即出现（base）字样。
3. 验证安装
在终端中输入命令 condallist ，如果Anaconda被成功安装，则会显示已经安装的包名和版本 。
在终端中输入 python 。若成功安装并且可以运行，则将会在Python版本 的右边显示“Anaconda custom (64-bit)”。退出Python交互界面则输入 exit() 或 quit() 即可。
4. 简易入门
创建conda环境
Base是conda的基本环境，有些安装软件的依赖包在base环境中会被降级。出于各种软件依赖包的版本问题，我们非常需要创建小环境来管理我们的软件。
查看当前存在的环境conda env list 或者 conda info –envs
创建新环境
conda create -n name python=2# -n: 设置新的环境的名字# python=2 指定新环境的python的版本，非必须参数
输入conda activate name就可以激活新环境啦
退出环境conda deactivate
删除环境 conda remove -n myenv –all
重命名环境事实上conda没有这样的功能，但是可以参考以上两步实现
conda create -npython2 –clone py2conda remove -npy2 –all
添加频道
添加频道的作用可以理解为：安装conda等于买了一台电视机，想要看节目还是得添加频道
官方channel
conda config –add channels biocondaconda config –add channels conda-forge
显示安装的频道
conda config –set show_channel_urls yes
查看已经添加的channels
conda config –get channels
已添加的channel在哪里查看
cat ~/.condarc
常用的conda源
conda config–add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/free/
conda config –add channelshttps://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/main/
更多channel地址可以参考https://mirrors.bfsu.edu.cn/help/anaconda/
利用conda安装生物信息软件
conda install tools-name
当conda安装不了时，说明当前的软件库没有对应资源
查找软件
anaconda search -t conda entrez-direct
找到要安装的版本
anaconda show bioconda/entrez-direct
安装
conda install –channel https://conda.anaconda.org/bioconda entrez-direct
安装完成后，可以用“which软件名”来查看该软件安装的位置：whichname
查看已安装的软件：
conda list
更新软件：
conda update name
卸载指定软件：
conda remove name
退出conda环境：
conda deactivate
今天的简易入门教程就到这里啦，祝各位小伙伴们使用愉快，安全顺利无bug!!（手动狗头！）
声明：本站部分文章及图片源自用户投稿，如本站任何资料有侵权请您尽早请联系jinwei@zod.com.cn进行处理,非常感谢！