1. 有什么软件可以建一个催化剂颗粒？
回复：法一：用ase.cluster模块可以方便构建一些经典的纳米颗粒。
https://kitchingroup.cheme.cmu.edu/blog/2014/12/22/Building-atomic-clusters-in-ase/
具体视频可以看
https://www.bilibili.com/video/BV1554y1x7yc
法二：用MS也可构建，方法就是先建立一个比较大的bulk晶胞，unbuildcrystal把边界去掉。然后不断手动删除部分原子。或者直接用铅笔功能手动拉出来想要的团簇形状再优化。
2.算CeO2的电子结构一定要加U吗，镧系这些
回复：镧系化合物(处于正价态)基本必须加，因为f轨道非常的收缩，电子相关效应很强，可以读一读文献，基本都要+U。
3.请问IVDW=11和=12的区别是什么？
回复：两个差不多都可以用
11是D3（有时候低估vdw） 12是D3BJ（有时候高估vdw）。
4.Fe4O6如果扩包，磁性排列如何简便设置直接成扩包倍数吗？
回复：先扩包，再在VESTA观察原子编 ，按照自己想要的磁性排列一点点写MAGMOM。
5. 请问用MS建显式溶剂模型如何考虑溶剂模型z轴方向的高度,混合溶剂模型的建模怎么建？
回复：由水分子的个数决定，我们上课的例子是20个分子，可以自己调节。混合溶液用packmol，课程视频里详细讲过。
6. 请问氢质子吸附时，如何设置电荷？
回复：改变NELECT，默认的数值在grep NELECT OUTCAR 里读取，重启计算把总电子数减一。或者添加抗衡离子，如在下表面加一个OH。
7. 自己的机器24核48线程，应该怎么设NCORE？
回复：12或6，自己测试
8. 氧化物Al2O3上负载氧化物v2O7团簇，可以建模吗？钝化用OH，POTCAR还要用特别的赝势吗？
回复：Gamma-Al2O3的要钝化，其他看相似文献可能不需要钝化。V2O7直接用铅笔功能一点一点拉出来就行。
9. wood标记法中新形成的（重构后的）表面旋转45度或者30度怎么确定？
回复：通过基矢a的旋转角度确定。
10. 团簇的原子数和构型是一般怎么确定？
回复：通过全局极小值搜索得到。比如模拟退火，ase，ssw，claypso，uspex都可以做。
如果粗糙点，多优化几个构型看能量最低的。
11. spindensity怎样算？可以直接读取OUTCAR里面的MAGMOM吗？
回复：ISPIN=2的任务，spindensity保存在CHGCAR文件里，可以用vaspkit312功能提取。
12.0.75H的POTCAR怎么得到的？和H的POTCAR有什么区别？
回复：这个赝势是vasp赝势库里自带的，有很多。价电子数不同，带有0.75个电子。具体视频可以看：https://www.bilibili.com/video/BV1554y1x7yc
13. 构建异质结，如果A,B晶胞不太一样，该怎么调？
回复：通过求算最小公倍数，比如A（a=2埃）B（a=3埃），就把A扩包3倍，B扩包两倍。
如果夹角不一样，先通过redefinelattice转基矢。不是所有的两个材料都能建立异质结的。
更为简单的方法是用vaspkit，可以自动旋转和取公倍数，给出合理的异质结模型：异质结建模
14. 非表面优化ISYM怎么设置？
回复：一般来说保持默认对称性。用默认的ISYM参数即可
15.氧化物的切面，选择O原子为暴露切面，那么对于硫化物，硒化物，磷化物等，都是选择氧，硫，磷等为暴露面吗？
回复：基本是这样的，但是也有很多特例暴露金属表面都有可能。
16. 表面钝化，在酸性，碱性溶液，水溶液中的钝化基团一般是什么？
回复：这个具体情况要具体讨论，不用的化学环境表面表露是不一样的，在课程第三讲中有。
17. castep优化需要设置最大位移，vasp需要吗？
回复：最大位移就是POTIM关键词控制的，结构优化时候一般我们用默认0.5就可以了。
18.如果稳定表面和气氛（氧分压有关），那么实际模拟应该怎么选择？根据实验条件吗？模拟不是在真空条件下吗？怎么模拟呢？
回复：在第三讲中，这个可以算，计算化学势。如果实验能给出结论就用实验的结论。
19. 什么情况下需要进行上下表面的偶极矫正，具体怎么进行校正？
回复：LDIPOL=T
IDIPOL=3
在第二讲中，不对称表面，按理说最好校正一下。
20.Si表面用赝氢饱和，也是那样在MS中取键中间添加H原子，然后要优化吗？优化后的结构再固定饱和H和底层原子，然后再算吸附计算吗？
回复：赝氢不用优化，直接把下面几层固定住就可以了。具体操作看课程视频。
21.水溶剂显式溶剂模型中，水分子不会和固体的下表面有相互作用吗？这样是合理的吗？需不需要在水溶剂之上再加一个真空层？
回复：可以加，也可以不加，加真空层的目的是为了得到真空能级的，并不是为了避免和下表面的作用。在最后一讲有详细讲中。
23. VASP如何计算同步辐射？
回复：VASP6新版本可以算。教程为：
（https://www.vasp.at/wiki/index.php/XANES_in_Diamond）
24. 用MS怎么构建合金表面的模型?比如NiCo(111)？
回复：如果是原子间化合物这种规则排列的合金，直接在bulk模型里从Ni金属模型的基础上，把一部分Ni换成Co再切面就可以了。
25. 切出来的表面吸附结构可以算能带吗？
回复：可以算，但是没啥意义，切完面的吸附结构主要讨论DOS就可以。
26.计算表面生成能时，有的下表面需要加赝氢钝化而上表面不用。这样上下表面不一致，怎么计算表面能？
回复：赝氢钝化以后这样的没法算表面能。只能钝化前算，而且算出来的是上下表面的平均表面能，单独的可能没法算。
27. 单层MoS2切100面后，需要添加赝氢吗？
回复：不用。
28.横向相接的异质结构如何建模？例如Cu111与CuO111,不是向MS里建立层那样纵向堆叠，而是两个表面横向相接，中间有一个界线?
回复：这种的模型非常麻烦，要要在异质结的基础上再添加一个横向的真空层，但是这种模型很难算，可以参考这篇文章：（NatureChemistry volume11, pages222–228(2019)）。
声明：本站部分文章及图片源自用户投稿，如本站任何资料有侵权请您尽早请联系jinwei@zod.com.cn进行处理,非常感谢！