假设你已经有了Amber20的源代码,文件夹名叫amber20_src,并且现在在amber20_src这个目录里面。
安装串行版本的Amber
进入build文件夹内,执行run_cmake脚本,然后make install:
之后,Amber20便已安装在../amber20内,执行以下命令激活它:
安装并行版本的Amber
安装并行版本前,请先安装串行版本。
先下载并安装mpich,执行AmberTools/sec/configure_mpich g后mpich将自动安装:
安装好mpich后,我们修改build文件夹下的run_cmake文件,将-DMPI=FALSE改为-DMPI=TRUE。用diff表示就是:
之后重复串行的安装操作,执行run_cmake,并make install,即可:
并行版本的Amber同样安装在../amber20文件夹内。
参考文献:
Amber 2020 Reference Manual,http://ambermd.org/doc12/Amber20.pdf
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