单细胞测序做到啥程度能毕业｜博士篇

相较于单细胞测序本身而言，毕业显然是各位更关注的问题，”单细胞测序做到啥程度能毕业”这个问题总是在我的脑海中挥之不去，此前我们已经整理了硕士篇的内容：

单细胞测序做到什么程度能毕业|硕士篇

。上次的推送大家互动地比较热烈，所以今天也应大家要求推出博士篇。首先，Biomamba目前博二，没博士毕业过，所以我说的也还是不算，回答这个问题的最好方法，就是去知 翻一番各位博士的毕业论文。另外，由于我精力有限，只翻了几篇文章，具有一定的偶然性，并且虽然我们的主题是单细胞测序，但事实上我们谈论的主要是单细胞转录组测序(我此前所做的教程也是，其实还有很多的单细胞组学我们没有时间去介绍)，大家有更多的想法也欢迎在后台或交流群(

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)中一起交流。如果想系统性的学习单细胞转录组测序数据分析也可以看这里：

单细胞数据基础分析学习手册

。

首先，我以“单细胞测序”为关键词在“博士学位论文”的范围内进行检索，由于毕业论文没有影响因子一说，我们挑了几篇博士论文中下载次数较高和时间较近的。

第一篇

一文搞定单细胞基因集评分

)，发现AS患者的M2评分更高一些，这其实与我以往的认知有所不同，我的知识体系里一般觉得M1型巨噬细胞起到促炎作用，会在炎症发生时占比上升。与此同时，AS的成骨相关基因集评分要高于正常人。

这种成骨能力也会随着VEGFA浓度的上升而上升：

这个工作十分的完整，可谓是从表型、数据挖掘、机制寻找、体内外验证几个方面打通了这个课题。如果硬要挑骨头，就是拿SPSS分析GO富集的差异让人怀疑数据处理这部分是外包的，但论文完成方式如何并不会影响这篇论文的完成度与价值！另外，这篇文章的数据模块占比并不高，单细胞测序只是一个引子。

第二篇

单细胞测序数据进阶分析—《拟时序分析》3.monocle2实操：完整版

)进一步描绘不同病理阶段上皮细胞的相互关联性，发现正常上皮细胞在向肿瘤细胞进化的过程中会逐渐出现两个独立的特征。

单细胞测序数据进阶分析—《细胞通讯》2.2CellChat多组别分析

)的计算，发现CAF细胞群与上皮细胞之前存在多对显著相互作用，可能通过CD74-MIF、EGFR-MIF、HLA-C-FAM3C发生相互作用从而促进细胞生长、细胞凋亡、细胞迁移、恶变细胞极性丢失等表型从而进一步调控肿瘤发生。

最后

除了这两篇之外我还读了一篇博士论文，该论文的篇幅也在一百页左右，主要内容是20只不同分组的模式动物的单细胞测序分析，并且没有实验验证内容(包含一些临床样本的免疫荧光验证)。最终该毕业论文的主题内容也是发在了一个IF=11.3的期刊上。所以，没有必要再读下去了，这三篇文章以及上次的硕士篇，给我的感受就是：有好文章，不怕毕不了业。

参考文献

[1]冯新哲. 基于单细胞测序探究强直性脊柱炎炎症和骨化进程中巨噬细胞和干细胞的交互关系[D].中国人民解放军海军军医大学,2021.

[2]林霖. 单细胞转录组解析食管癌发生多阶段过程中上皮及基质微环境动态变化[D].北京协和医学院,2022.

[3]Liu T, Zhao X, Lin Y, Luo Q, Zhang S, Xi Y, Chen Y, Lin L, Fan W, Yang J, Ma Y, Maity AK, Huang Y, Wang J, Chang J, Lin D, Teschendorff AE, Wu C. Computational Identification of Preneoplastic Cells Displaying High Stemness and Risk of Cancer Progression. Cancer Res. 2022 Jul 18;82(14):2520-2537.

[4]Yao J, Cui Q, Fan W, Ma Y, Chen Y, Liu T, Zhang X, Xi Y, Wang C, Peng L, Luo Y, Lin A, Guo W, Lin L, Lin Y, Tan W, Lin D, Wu C, Wang J. Single-cell transcriptomic analysis in a mouse model deciphers cell transition states in the multistep development of esophageal cancer. Nat Commun. 2020 Jul 24;11(1):3715.