单细胞专题｜3.单细胞转录组的上游分析-从BCL到FASTQ

(1) 软件安装和介绍

Cellranger mkfastq 管道可用于将 BCL 文件解码为单个库的 FASTQ 文件。如果测序提供程序已经完成了这一步，则可以直接使用每个库的 FASTQ 文件进行数据分析。cellranger mkfastq的本质是调用bcl2fastq生成bcl2fastq，并生成额外的10x样本信息。Bcl2fastq是 illumina开发的bcl到fastq的转换程序。cellranger下载安装地址如下：

https://support.10xgenomics.com/single-cell-gene-expression/software/downloads/latest?

安装cellranger

在conda环境中安装bcl2fastq，因为Cellranger依赖于bcl2fastq。

(2) 案例

公司提供的bcl原始测序文件，本次教学使用使用cellranger的测试数据

您的数据可能看起来有点不同，这取决于测序仪器使用。查看目录的前几个级别是检查完整性的好方法。如果您没有看到 RTAComplete.txt、 RunInfo.xml 和 runParameters.xml 文件，那么管道很可能会失败。如果缺少任何这些文件，请与您的测序提供程序联系，并要求获得完整的运行目录。

? Lane：要处理flowcell的那个通道。可以是单个泳道（1）、范围（例如 2-4）或flowcell中所有泳道（*）。

? Sample：样本名称。所有生成的 FASTQ 表头前缀，对应于所有下游 10x 管道中的 –sample 参数。样本名称只允许使用字母、数字、下划线_和-；不允许使用其他符 ，包括点（“.” ）。

? Index：用于文库构建的 10x 样本索引，例如 SI-TT-D9 或 SI-GA-A1。

查看帮助文档

Cellranger mkfastq 将 BCL 文件解码为单个库的 FASTQ 文件

? –id：mkfastq命令输出FASTQ文件的文件夹名称

? –run：BCL（Base CALL）所在文件夹名称（该文件为illumina测序的下机文件）

? –csv：对应BCL文件的样本信息表，用于描述如何在 Illumina flow 单元上对样本进行索引。

查看输入：

运行时间根据系统资源的不同而不同，但是它不应该占用多于几分钟的时间。现在转到 fastq _ path 目录。

具有有效排序索引的Demultiplexed FASTQ 文件可以在以 flow cell id 命名的目录下找到，在本例中为 H35KCBCXY。

这些来自 管道的输出作为 的输入。我们后续介绍。

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