解决你软件安装疑难杂症的docker

Docker原本是一个IT界很流行的工具，但是我们生信分析的工作和IT的有些类似嘛，所以很多生信软件也被打包上传到了docker仓库，方便我们下载。Docker类似于conda、pip，可以方便用户快捷省事的安装需要的软件；但是docker和conda又有些不同，docker比conda更全面且笨重一点，我们可以在centos系统里用docker安装ubuntu系统。老牛推荐docker的原因不是因为它能在centos里安装ubuntu，而是针对CNVnator这种软件安装钉子户，使用conda安装上会依旧 各种错误，可以看到哪怕conda解决了95%的问题，但还是不够完美。

Docker的思想来自于集装箱，这个集装箱可以装下某个软件运行所需要的所有东西，我们可以把这个集装箱发往世界各地，任何地方收到这个集装箱的人都可以完好的运行这软件，不再有软件依赖的问题。

简单的说docker的使用场景是，我们想安装一个软件可以从docker公共仓库里下载下来，并且不需要安装直接使用；或者我有一个自己安装好的软件也可以上传到docker公共仓库里方便别人下载直接使用。要完成以上功能，首先我们要在系统里安装好docker（centos系统演示）：

1）配置yum

vim /etc/yum.repos.d/docker.repo

[dockerrepo]

name=Docker Repository

baseurl=https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/docker/yum/repo/centos7

enabled=1

gpgcheck=1

gpgkey=https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/docker/yum/gpg

建立好以上文档后，运行：

yum makecache

2）yum安装docker

yum install –y docker-engine

3)启动docker和测试

systemctl start docker.service

（servicedockerstart）

docker version

docker run hello-world

在运行完最后一条命令后，命令行显示如下，首先docker会检测本地有没有一个叫hello-world的images，因为我们是第一次使用，所以检测到没有，然后公共仓库里下载最新的hello-world镜像，下载完成后建立容器运行。

Docker有三个基本的组成部分：docker images、docker containers和docker registries。docker images的概念类似于一个光盘镜像，是静态的不可被改写的;docker containers是对images动态的使用，是可读可写的，image必须加载到container上才可以发挥作用；docker registries是保存images的公共仓库。

在日常使用中，我们要先在官方仓库里检索相关镜像，检索地址如下：

https://hub.docker.com/

老牛输入CNVnator检索到共有11个镜像，选择人数最多的一个，根据里面的提示pull下镜像。

由于官方服务器在国外，所以国内下载的会经常遇到失败，这时有三种方法解决：1.多试几次下载，有可能会成功；2.换一个镜像下载，当然也要从对方上传的时间来判断软件版本的问题，如果版本太老可以考虑放弃；3.采用国内镜像源，下载速度快，但是生信类软件不多，比如CNVnator这类软件可能没有相关镜像。

针对CNVnator老牛在尝试了几个镜像后终于有一个成功下载，docker里软件的运行需要docker run命令+镜像+软件命令，例如：

Docker run halllab/cnvnator XXX

我们上面说到镜像是不可被改写的，我们通过docker run生成的其实是container容器，如果我们对容器进行了修改，也可以将容器生成镜像方便以后使用：

docker commit aaa bbb #将运行中的aaa容器转换为名为bbb的镜像

其他常用命令如：

docker logs #查看容器的日志

docker images #查看所有的镜像

docker ps #查看容器运行状态

docker info #查看docker基本信息

docker start xxx #启动容器

docker stop xxx #停止容器

docker kill xxx #关闭容器

等

以上只是docker的初步认识和基本使用，老牛也在持续不断的学习，所以本篇只是对docker的初步入门，对于生信分析工作来讲以上足以应付使用。如果同学用的是ubuntu，或者同学有造福人类的觉悟想把镜像提交到官方仓库，那么老牛希望该同学是一个有自学能力可以解决问题的人，同时欢迎同学把技术相关经历投稿到我们生信草堂，当然，任何方面的技术学习都可以写成文章投稿到我们。2018年起始任何一篇刊登的推文都有一百元奖励哦，阅览量超过1000次还有额外300元奖励。时光易逝，我们有时想要赶着时间去证明自己的独特，但是证明自己强大才是最好的独特，把自己的技术和思想写下来，磨炼自己，同时赚了钱犒劳下自己，这样的人生岂不多了一份快哉！

转自生信草堂

生信草堂