手把手教你用软件便捷地数细胞

统计图，和科研领域里的大多数图像数据伴生，是一种大家喜闻乐见的，直观表现数据结果的形式。周围的 Lab 不管是做免疫，还是发育，或者肿瘤，都涉及到要做免疫荧光（Immunofluorescence, IF）或者免疫组化（Immunohistochemistry， IHC），而在拍完了图之后，直接给老板 show 漂亮的 images 时并不能让 TA 百分百满意，总是想要一个 bar 图，那就需要统计了。

而手动点数细胞太费时，所以向大家介绍一个有用的软件 IMARIS，可以自动数细胞。

Imaris 使用起来轻松快捷，显示信息也很全面：区域内细胞总数 A，单个通道在 A 里的数量，某个特定区域细胞数，单个细胞的直径，大小，坐标等等。而这还只是此软件最最基础的功能，一起先来看看吧。

1. 打开软件，可以看见如下界面，第一行的标题栏有 Slice，Surpass，Animation 等，Slice/Surpass 可以用来在打开的 images 上操作，Animation 可以将连续的 images 做成 moive。

2. 打开一张图片，界面就自动变成如下。如浮动窗口 Display Adjustment（可以在 Edit 里勾选 Show Display Adjustment，即显示这个节目），这个可以调节不同荧光通道的强弱。

3. 开始数细胞，比如我想要数 DAPI 通道里的细胞个数（即 total 细胞数目），点击 Plot（紫红色圈所示的 button）。

开始操作点击。

右下角的右进键（紫色箭头所指）。

进入 2/3 source channel 界面，选 DAPI 通道，填写 Estimate Diameter，（一般软件自动估测的数字比较准可以不改动，万一想要最最准确，可以利用 Slice 界面，在此界面鼠标单击可以显示细胞直径，取三个细胞求平均），继续点右进键，即进入 3/3 source channel 界面，细胞即自动数完了。

4. 点击双进键，填充色自动变成通道的伪色，即完全完成。可以在「折线」图标栏目下看见有光这个技术的各种参数：细胞总数，单个细胞的大小，直径，位置坐标等等。

注：Double check 下明场和 DAPI, 发现数的还是特别准确的 (白色小方块所示，mark 的图标外观可以改为 sphere，大小可以任意调)。如果觉得不是 100% 准确，可以按住 Shift，鼠标左键点选更改 individual 的 target。

5. 如果我还想要进一步指导 DAPI+ 里 488+ 的比例是多是，可以进一步操作 filter 界面（图标是漏斗），点击 Filter 图标，点 Add，并点选 Filter type：

哦哦，显然它只选了三个最绿的细胞，如黄色方块所示，如果只想计数强信 的细胞，那就如此变好，点击 Duplicate selection to new spots，即得到只计数这三个细胞的新界面。

如果要记所有绿色的细胞则在这个强黄色区域（用 red box 标记的）用鼠标左键拉动，拉的时候会出现一个十字，边拉边看右边的 image，到自己认为可取的位置，如下便好。

6. 看，已经数完了。28 个。可以记下数字即可，也可以 Duplicate 这个 plot，比如我还要数绿色细胞里多少是 647 通道阳性的，以此类推之。简直太方便了有木有。

PS：后期反响强烈的话我将继续推进介绍其更强大的功能，及解决一些遭遇补丁版软件如何应对的小 tips。

还在纠结怎么计数么？下面介绍一款自动细胞计数仪的配件，比如说这款日本进口的一次性细胞计数板，省时省力更省细胞，更重要的是方便准确，比较快能出结果。

在试用的过程中为了将误差最小化，建议四个计数室中的细胞均应被计数， 只计数一个细胞室会增加误差的机会。相关的技术资料和产品详情可以识别二维码或戳阅读原文了解。