工欲善其事，必先利其器–这些分子生物学软件你值得拥有

分子生物学研究常用的手段就属载体构建，其大概方法就是依赖于限制性核酸内切酶、DNA连接酶和其它修饰酶的作用，分别对目的基因和载体DNA进行适当切割和修饰后，将二者连接在一起构建为质粒，再导入目的细胞，实现目的基因在目的细胞内的正确表达。

载体构建前期需要做序列分析，载体图谱分析，这时就需要使用一种或者几种分子生物学软件进行分析，以保证我们顺利快速的拿到正确的质粒。为了方便大家，今天小编整理了一些常用的分子生物学软件并对这些软件进行介绍，软件包括Chromas、Generunner、Lasergene、Snapgene、Vector NTI。但是小编介绍的方法不是逐个介绍这些软件的使用，而是按照我们做载体构建涉及的一些操作来介绍这些软件的功能，操作包括：核苷酸序列获得、查找ORF、氨基酸序列分析、序列比对、序列分析(重复序列)、峰图查看、测序结果分析。

一、核苷酸序列获得

从两个图展示的信息，小编更喜欢Snapgene，信息简明，完整。

二、查找ORF

通常我们拿到一个核苷酸序列，想看看其可能的ORF区。在这里小编主要介绍Snapgene、Vector NTI、Generunner。依然使用CXCL8基因NM_000584转录本举例。

图3是Snapgene分析ORF区结果；图4是Vector NTI分析ORF结果；图5是Generunner分析ORF结果。

Snapgene会从两个方向查找可能的ORF，同时可以很方便的调整，比如我只想从一个方向查找可能的ORF；

Vector NTI同样会从两个方向查找可能的ORF，但是界面不如Snapgene清晰

Generunner分析ORF结果界面不是很友好，这个软件会从序列的第一个碱基，第二个碱基，第三个碱基开始翻译，给定一段核苷酸序列，在一个方向上会有三个可能的ORF区就是这么来的。但是Generunner软件小编非常喜欢用，后面会讲到。

三、氨基酸序列分析

假定我们从上面的分析中确定了ORF，此时我们知道这段ORF对应的氨基酸序列，小编在这里介绍两个软件：Generunner、Lasergene。

图6是Generunner翻译序列的结果；图7是使用Lasergene中的EditSeq得到的结果。

Generunner小编非常喜欢使用，特别是在翻译氨基酸的时候，同时我们都知道氨基酸有三字母和单字母两种简写方式，Generunner都可以设置。

Lasergene中的EditSeq也能很方便的得到氨基酸序列，但是最好是已经确定序列就是一个完整的ORF。

四、序列比对

图8是使用Vector NTI对两段序列进行比对的结果；图9是使用Snapgene对两段序列进行比对的结果。

Vector NTI可以看到比对全貌，非常容易的找到不一致的区域。

Snapgene同样可以看到比对全貌，但是当查看具体的突变区域的时候，就比较麻烦，比对结果类似于NCBI BLASTN，需要比对的说明来判断。

五、序列分析(重复序列)

做PCR跑电泳经常会碰到有非特异性条带的情况，这种通常就是引物特异性不好造成的。小编在这里给大家介绍Lasergene中的GeneQuest软件和Snapgene软件，可以用来分析序列中的重复结果，可以很有效的避免非特异性扩增产物的出现。当然，小编优先会选择GeneQuest来分析序列重复结构。

图10是使用GeneQuset分析序列重复的结果。GeneQuest可以分析正向重复序列，反向重复序列，会根据默认条件找出所有的重复序列，非常直观。

图11是使用Snapgene分析。Snapgene是一款很好的引物设计软件。使用这个软件标记引物的时候会提示引物有多个结合位点。

六、峰图查看

当我们构建好载体，往往都需要测序验证构建的序列是否正确。通常测序公司发来的测序结果都是.ab1格式的测序结果。小编在这里介绍Chromas和Snapgene两个软件。查看单个测序结果小编更喜欢使用Chromas软件。ss

图12是Chromas打开.ab1测序结果的界面；图13是使用Snapgene打开.ab1测序结果的界面。s

七、测序结果分析

目前sanger测序一个反应的有效读长大概在700bp。当我们构建的序列长度超过一个反应的有效读长后，就需要增加测序反应。此时就需要对测序结果进行拼接。小编在这里只为大家介绍Lasergene中的SeqMan软件。SeqMan是目前用的最多的测序结果拼接软件。