你没看错!基于宏基因组的完成图!!

哈佛大学医学院Dana-Farber癌症研究所李恒课题组重磅推出三代HiFi宏基因组组装软件——hifiasm-meta。研究论文“Metagenome assembly of high-fidelity long reads with hifiasm-meta”预印本在线发布。

hifiasm-meta是基于hifiasm的宏基因组组装工具:

  • 改善了一些宏基因组数据中比单样本测序更突出的问题(例如contained reads);
  • 优先于获得连贯的contigs,过程不需要手工干预,和hifiasm相同是一个binary和一行命令;对于回收variants和SV,可能对read-contig的alignment+variant calling比处理assembly graph更实用);
  • (可选)丢弃冗余reads的模块,不过实际数据通常测序深度没有饱和,尝试丢弃reads的话通常有害且对运行速度没有太大帮助,所以目前只用在深度过高的mock community中。
  • zymo数据集包含17个物种的21个菌株,包括5个大肠杆菌,每个菌株丰度为8%。hifiasm-meta软件都获得了很好的组装效果(表1)。

    综上,hifiasm-meta软件将进一步推动宏基因组组装。hifiasm-meta能够在无需人工干预的情况下,从一个深度测序的样本中组装出更多的环状MAGs。这种高质量的宏基因组组装可能会从根本上改变宏基因组分析,并揭示微生物群落的生物学和生物医学意义。

    声明:本站部分文章及图片源自用户投稿,如本站任何资料有侵权请您尽早请联系jinwei@zod.com.cn进行处理,非常感谢!

    上一篇 2022年10月25日
    下一篇 2022年10月25日

    相关推荐