焦磷酸测序法检测SNP突变位点PCR引物的设计

在前两篇中（、）欧易生物为老师介绍了在 站UCSC上如何查找及延伸碱基序列及PyroMark Assay Design 2.0软件焦磷酸测序法设计甲基化位点引物的使用。今天我们再为老师们介绍PyroMark Assay Design 2.0软件的另一款功能：焦磷酸测序法检测SNP突变位点PCR引物的设计。

首先下载完软件安装包，按提示安装完毕即可使用（如果您有需要，可拨打欧易生物服务热线4006-4008-26）。

打开软件，运行结果如下图：

在Assay Type栏中选择下图红色区域中的“Genotypong（SNP）”，此选项为焦磷酸测序法检测SNP突变位点PCR扩增的引物设计选项。

以下图文档中的碱基序列为例：

上图中A为SNP突变位点，“Ctrl+C”复制该碱基序列。

将复制好的序列“Ctrl+V”粘贴输入下图中的红色区域，结果如下图所示：

上图中草绿色区域中有3个选项，分别可以查看输入序列、图像视图等（前面文章里面有具体介绍）。点击“GraplicView”键（图像视图），运行结果如下图：

根据上图中草绿色区域内中的碱基数标尺找到SNP突变位点A，在附件60bp内选定区域（焦磷酸测序法测序长度不宜过长60bp以内最佳，越短越好），点击“鼠标右键”然后点击“Set TargetRegion”键（“Clear Target Region”则为取消），操作方法如下图所示：

运行结果如下图：

点击上图中的红色区域按钮就可以分析设计出引物，运行结果如下图：

红色区域中即为设计出来的引物信息，可根据引物不同的评分、碱基序列结构、引物序列结构等选择比较好的PCR扩增引物方案。以下用“#1”第一引物设计方案举例，选定方案点击“鼠标右键”选择“View Report”键运行，操作方法如下图所示：

运行结果如下图所示：

在上图中红色区域的新窗口即为该对引物的具体信息及说明，点击下图红色区域，如下图所示：

运行结果如下图所示：

上图红色区域可以进行命名引物信息，点击“保存”即完成本次引物设计，如下图即为保存好的文件信息：

点击上图红色区域文件就可以随时查看引物具体信息。

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