一文学会质粒图谱绘制软件——SnapGene viewer

SnapGene viewer 是SnapGene 的免费版本,虽然它删减了一些功能,但对于初学者来说依然很实用哦。SnapGene Viewer包含与完全启用的SnapGene软件相同的丰富可视化,注释和共享功能。

https://www.snapgene.com/

接下来跟着小编来看看它的强大之处吧,在这里小编以分子克隆实验最常见的蛋白表达载体PET-32a为例,通过这篇文章可以很好的掌握软件的使用。

1 质粒可视化与酶切位点的选择

1.1打开NCBI 址 https://www.ncbi.nlm.nih.gov/,下载你所需要表达的gene。这里选择的是opaR基因,下载fasta/gb文件

1.2 打开fasta文件,观看酶切位点信息,一般会直接出现常见的酶切位点信息,目的基因的酶切位点与PET-32a的酶切位点相比较,在PET-32a里的酶切位点选择时, 不能选择目的基因里的酶切位点,以免造成目的基因切断的现象。

1.3打开蛋白表达载体PET-32a,最好选取粘性末端与酶切条件一致 (反应温度与缓冲液)的酶EcoR I与Xho I。(这里指的是双酶切体系)

2 引物设计

2.1 酶切位点的方向的选择

从这里我可以看出这个 质粒基因表达的方向,EcoR I与Xho I的方向一定要看清哦,小伙伴们, 看下面的氨基酸表达的箭头,EcoR I酶切位点虽然在后面,但是它要加在上游引物的前面哦,不要弄反了,这样你的基因会表达不出来的。

2.2引物长度

在目的基因的上下游截取 15-21bp序列,点击Primers里的Add primers,根据小编的经验选取 Tm值在50-60℃左右,在上述范围内选取合适的bp.

2.3上下游引物设计

给该引物命名,然后点击Insertion,在该引物上添加之前选择好的酶切位点序列,如图选择了EcoR I,点击Insert即可完成(必要时需要加保护碱基), GC含量为40-60%,然后opaR-F引物为 保护碱基CCGEcoR I酶切位点GAATTC目的基因18bp; opaR-R 下游序列的选取时点击 Reverse Complement,这样就可以反向互补了,引物方向必须是 5′-3’。

END

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