掌握这两款软件,让点突变引物设计简单到飞起!

点突变技术应用比较广泛,我们今天涉及的点突变内容主要是在质粒上进行的。比如在双荧光素酶 告基因实验中,点突变结合位点,或者模拟磷酸化和去磷酸化实验中,需要将氨基酸进行突变。

其实,点突变的方法比较成熟,设计点突变引物,进行PCR实验,然后Dpn I酶处理去除模板质粒,再转化测序就好了。整个步骤最关键的就在点突变引物的设计上。

今天我们有一个例子结合两大神器,让点突变的引物的设计简单要飞起。

我们选取Ezrin蛋白,它是ERM蛋白家族成员之一,其567位的苏氨酸磷酸化能够通过影响骨架蛋白调节细胞运动。我们将567位苏氨酸突变为天冬氨酸来模拟磷酸化。

首先,通过NCBI找到Ezrin的CDS序列,将序列复制下来。直接复制粘贴到word中,会把前面的序 一并复制进去,这样处理起来就比较麻烦,这时候就要用到我们第一个神器BioXM软件。

我们再从这个软件中,将这长度为1761的序列复制出来,pia到另外一个神器Primer X中,进入我们的引物设计阶段。

这是一个在线点突变引物设计 站, 址是:http://www.bioinformatics.org/primerx/index.htm。 站提供给我们三个选项,一个是从基因序列突变,一个是从氨基酸序列突变还有直接放进引物序列突变三种形式,我们点击第二个选项“I want to design a primer pair based on a mutation in an encodedprotein sequence.”

现在我们把复制好的序列粘贴到这个框框中,点击Translate。

CDS序列就转换成了氨基酸序列,在Step 3中,输入我们想要点突变的位点“T567D”。其他的不用变,点击Next。

Step 6中选择你要表达的系统,我们一般都是在大肠杆菌中进行表达。选择好之后点击Generate primers。

这样你所需要的点突变引物就出来了,是不是很简单。

其中的参数都可以根据实验需要进行调节,一般不需要动,当产生的引物比较少或者没有的适合,可以将条件放的宽松一点。

这就是今天的分享,希望对你有用。对话框( 不是留言板)直接回复 BIO就能得到今天的软件福利包了。

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